В работе представлена вторая часть доклада, сделанного 22 марта 2005 года на семинаре по математическому моделированию в нанотехнологии в Институте прикладной математики им. М.В. Келдыша РАН. Обсуждаются новые перспективные подходы к моделированию процессов самосборки, самовоспроизведения, диагностики и устранения повреждений для наноконструкций на основе клеточных автоматов и систем взаимодействующих тьюрмитов.